Слово «кофе» в русском языке имеет мужской род, а слово «кафе» — среднего рода, поскольку оно образовано от французского слова «café», которое имеет средний род.
В русском языке иностранные заимствования, обозначающие названия напитков и продуктов питания, чаще всего получают род, соответствующий грамматическому роду французского слова (если заимствовано из французского языка), с которым они по форме совпадают. Например:
* Пюре́ (ср. р.) от французского purée (ср. р.)
* Какао (ср. р.) от французского cacao (ср. р.)
* Конфитю́р (м. р.) от французского confiture (ж. р.)
Однако некоторые заимствования могут получать род по смысловому соответствию или по аналогии с другими словами. Например:
* Кофе (м. р.) от французского café (ср. р.), по аналогии с другими напитками (чай, сок)
* Пиро́жное (ср. р.) от французского пиро́г (м. р.), по смысловому соответствию